ხალიჩებში შეიძლება ბუდობდნენ ბაქტერიები და მიკრობები, რომლებიც ჯანმრთელობისთვის საშიშია, მათ შორისაა:
სტაფილოკოკი – ეს ბაქტერია ხშირად ხვდება სახლში ფეხსაცმლის მეშვეობით და შეუძლია სერიოზული ინფექციები გამოიწვიოს, თუ მოხვდება ჭრილობაში ან იმუნიტეტი სუსტი გაქვთ.
სალმონელა – ასევე ფეხსაცმლის მეშვეობით ხვდება და შეიძლება საჭმლის მომნელებელი სისტემის დაავადებები გამოიწვიოს.
ე. კოლი – შეიძლება ხალიჩაში მოხვდეს საკვების ნაწილაკების ან ფეხსაცმლით გადატანის გზით და ჯანმრთელობისთვის ძალიან საშიშია.
მტვრის ტკიპები – ეს მიკროსკოპული არსებები ძირითადად ალერგიულ რეაქციას იწვევს, როგორიცაა ასთმა, ცემინება და თვალების ქავილი.
ობის ბაქტერიები – ობის ბაქტერიები შეიძლება განვითარდეს ნესტიან ხალიჩებში, რაც ჯანმრთელობისთვის სახიფათოა, განსაკუთრებით საშიშია იმ ადამიანებისთვის, რომელთაც სუნთქვის პრობლემები ააქვთ.